Logo školy má tvar kruhu. V kruhopise je uvedený názov – ZŠ s MŠ Jozefa Murgaša, Horná 22, Šaľa. Pole loga je priečne rozdelené na dve časti. Ľavá horná časť s nákresom oblohy, rieky a lužných lesov symbolizuje názov, ktorý škole patril dlhé roky – ZŠ Sídlisko Váh Šaľa. Pravá dolná časť je obrazom zamerania školy a to rozšírené vyučovanie matematiky a prírodovedných predmetov. Hríb uprostred prekrýva dve skúmavky a spolu s dvoma ratolesťami symbolizuje biológiu a chémiu. Odmocnina a sčítanie 2+3 vpravo , pravouhlý trojuholník vľavo sú symbolom matematiky.